Pirmajā padomju varas gadā mācības skolā turpinās divās ēkās: 1.-3.klase mācās brūnajā koka ēkā, bet 4.-6.klase mācās baltajā mūra ēkā. Baltajā ēkā notiek arī mītiņi, kurus vada padomju darbinieki. Skolā tiek organizēti krievu valodas kursi skolotājiem un pārējiem Krustpils iedzīvotājiem.
Līdz ar vācu varas ienākšanu tiek mainīts skolas nosaukums.
1941./1942.māc.g. – 1943./1944.māc. g. mūsu skola ir Krustpils Valsts tautskola. Baltajā ēkā tiek izvietots vācu hospitālis, un mācības notiek tikai koka ēkā.
Atgriežoties padomju varai, vairākkārt tiek mainīts skolas nosaukums:
1944./1945.māc.g. – Krustpils Valsts nepilnā vidusskola,
1945./1946.māc.g. – Krustpils 1.septiņgadīgā skola,
1946./1947.māc.g. – 1952./1953.māc.g. – Krustpils pilsētas septiņgadīgā pamatskola.
1950.gada 15.augustā skola iegūst Krustpils 1.vidusskolas vārdu.
Pēckara gados notiek bieža arī skolas pārziņu maiņa. 1943.- 1948.gadā skolas pārzinis ir Eduards Celmiņš. Viņa pienākumos ir kara postījumu novēršana skolā, inventāra un mācību materiālu sagādāšana. 1947./1948.māc. gadā skola kļūst par divplūsmu skolu, līdz ar to krievu plūsmai mācības rit baltajā mūra ēkā, bet latviešu plūsma atkal atgriežas vecajā koka ēkā. Par skolas pārziņiem neilgu laiku ir Mihails Makarovs un Žanis Zobens.
1952./1953.māc.g. – par Krustpils 1.vidusskolas direktori kļūst Ženija Sakare.
1954.gada pavasarī ir pirmais vidusskolas izlaidums.
1957./1958. māc.g. – par Krustpils 1.vidusskolas direktori kļūst Mirdza Martukāne.
Skola ir nostiprinājusi vidusskolas statusu un arī kļuvusi skaitliski liela. Mācības notiek divās maiņās. Nepieciešamas plašākas ēkas, bet pilsētas vara neatbalsta skolas lūgumu būvēt jaunu piebūvi blakus esošajā teritorijā.
1958.gada maijā tiek ielikts pamatakmens jaunajai skolas ēkai kalnā aiz dzelzceļa – ārpus toreizējās pilsētas.
50.gados skolā strādā skolotāji:
Helēna Utnāne
Modests Trepšs
Johanna Trepša
Vera Līce
Austra Losberga
Elza Celmiņa
Francis Sjomkāns
Jānis Bērziņš
Guna Bērziņa
Harijs Aleksīns
Anna Virse
Jānis Saulītis
Tamāra Kuģeniece
L.Moreina u.c.
