Jēkabpils 3.vidusskola piedāvā vispārējās vidējās izglītības programmu ar 5 padziļināto kursu komplektiem:
1) humanitārais (valodu) virziens;
2) humanitārais (mākslu) virziens;
3) dabaszinātņu virziens (medicīna, farmācija);
4) vides zinātnes, lauksaimniecība;
5) matemātikas, inženierzinātņu virziens.
Tiek piedāvāti izvēles kursi:
- 3. svešvalodā (vācu, franču, spāņu)
- Digitālajā dizainā
- Uzņēmējdarbības pamatos
- Kolektīvajā muzicēšanā (koris, ģitāra)
- Radošajā rakstīšanā
Skolā ir dienesta viesnīca.