1989./1990. m.g. – 1997./1998. m.g. – skolas direktors ir Ārijs Balodis. Tas ir strauju pārmaiņu laiks atjaunotajā Latvijas brīvvalstī. Izglītības sistēmā un skolas dzīvē – daudzi pārkārtojumi, jauni meklējumi, jaunas tradīcijas. Arī skolas ēkai ļoti nepieciešams remonts. Finansiāli sarežģītajā laikā tiek rasti līdzekļi nepieciešamajai skolas jumta nomaiņai. Kā vīram kārtīga cepure iemirdzas jaunais jumts. Mēs esam stipra skola.
1998./1999. m.g. par skolas direktoru kļūst Valdis Ozoliņš, viņa mūžs ir iesakņojies 3. vidusskolā, kuru par savu dēvē visi viņa dzimtas pārstāvji: gan tēvs, gan sieva, gan meitas. Te mācījās pats, pēc tam strādāja par sporta skolotāju, bija klases audzinātājs.
Godbijīgi tiek turpinātas iepriekšējo Jēkabpils 3. vidusskolas direktoru tradīcijas un meklētas arvien jaunas attīstības iespējas.
2005.g. tiek realizēts skolas sapnis – uzbūvēta plaša sporta halle. Sporta tradīcijas un sasniegumi turpina spodrināt skolas vārdu.
2013.g. vasarā skolas ēkā noris vērienīgi darbi: skolas korpusa, mājturības kabinetu un bibliotēkas renovācija. Pateicoties Galvenajam darba veicējam SIA “Jēkabpils PMK” un viņa palīgiem SIA “Ošukals”, SIA “Ošukalns būve”, “LC būve”, SIA “Hektors”, SIA “Demvar” 2013.gada 8.novembrī Jēkabpils 3.vidusskolā svinīgi tika parakstīts skolas renovācijas darbu nodošanas un pieņemšanas akts.
Senu un stipru sakņu skolā ir mūsdienīga un estētiska mācību vide.
Ar skolas zvanu un skolas solu
Mēs turpināmies.
Kā kamols kamolā tinamies.
Lai kļūtu.
Lai būtu.
Lai piepildītos.
2019. gada jūnija nogalē Jēkabpils pilsētas pašvaldība saņēma Jēkabpils 3.vidusskolas direktora Valda Ozoliņa iesniegumu ar lūgumu par atbrīvošanu no amata veselības stāvokļa dēļ, un vēlāk 2019. gada 24. oktobrī direktors Valdis Ozoliņš aizgāja mūžībā.
Viņa laikā skolas vārds daudzināts ar uzvarām un sasniegumiem tepat, Latvijā, un tālu aiz valsts robežām. Valdis Ozoliņš 2019. gadā apbalvots ar Izglītības un Zinātnes ministrijas Atzinības rakstu.
